У якому форматі відео After Effects?

Adobe After Effects не має вбудованого рендеру та експорту в MP4(H. 264). H. 264 популярний стандарт технологій стиснення зображення.

Як правильно рендерувати у After Effects?

Рендерити можна двома способами. Через Render Queue всередині After Effects та через сторонню програму Adobe Media Encoder. Для слабких комп'ютерів або важких проектів рекомендую Render Queue. А для решти — Media Encoder.